COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-09 17:00:00 3.573460 3.573460 4.059237
2021-06-08 17:00:00 3.139645 3.139645 4.086985
2021-06-07 17:00:00 4.763508 4.763508 4.219598
2021-06-06 17:00:00 4.113552 4.113552 4.323970
2021-06-05 17:00:00 3.610440 3.610440 4.405976
2021-06-04 17:00:00 4.189880 4.189880 4.499696
2021-06-03 17:00:00 5.518015 5.518015 4.613655

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-09 17:00:00 5.020921 5.020921 3.594285
2021-06-08 17:00:00 2.465483 2.465483 3.596083
2021-06-07 17:00:00 4.318937 1.256039 3.520405
2021-06-06 17:00:00 3.693182 3.693182 3.616517
2021-06-05 17:00:00 3.615448 3.615448 3.720654
2021-06-04 17:00:00 4.261364 4.261364 3.786913
2021-06-03 17:00:00 3.448276 4.229460 3.895537

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-09 17:00:00 8.933718 8.933718 9.363296
2021-06-08 17:00:00 10.670732 10.670732 9.127470
2021-06-07 17:00:00 1.851852 9.253731 8.659076
2021-06-06 17:00:00 15.422886 9.451220 8.473988
2021-06-05 17:00:00 9.011628 9.011628 8.434088
2021-06-04 17:00:00 14.912281 14.912281 8.682340
2021-06-03 17:00:00 4.225352 0.895522 8.871609

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-09 17:00:00 4.759916 4.759916 4.846602
2021-06-08 17:00:00 2.476654 2.476654 4.910670
2021-06-07 17:00:00 3.142627 3.142627 4.986470
2021-06-06 17:00:00 7.239819 7.239819 5.157633
2021-06-05 17:00:00 3.282937 3.282937 5.284611
2021-06-04 17:00:00 6.570117 6.570117 5.330260
2021-06-03 17:00:00 11.529933 11.529933 5.463394

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-09 17:00:00 3.147967 3.147967 3.501363
2021-06-08 17:00:00 3.191760 3.191760 3.643170
2021-06-07 17:00:00 8.416548 2.566147 3.718896
2021-06-06 17:00:00 3.811090 3.811090 3.858722
2021-06-05 17:00:00 3.502567 3.502567 3.941683
2021-06-04 17:00:00 5.032713 5.032713 4.123495
2021-06-03 17:00:00 5.112570 3.014172 4.297679

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-09 17:00:00 5.176584 5.176584 7.726393
2021-06-08 17:00:00 5.813271 5.813271 7.693889
2021-06-07 17:00:00 17.032967 8.852085 8.077027
2021-06-06 17:00:00 8.717689 8.717689 8.334925
2021-06-05 17:00:00 7.448583 7.448583 8.661857
2021-06-04 17:00:00 9.351621 9.351621 8.983957
2021-06-03 17:00:00 24.116424 12.950042 9.343374

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-09 17:00:00 1.855976 1.855976 2.241824
2021-06-08 17:00:00 3.722084 3.722084 2.182326
2021-06-07 17:00:00 2.183406 0.782473 2.077454
2021-06-06 17:00:00 1.189387 1.189387 2.072219
2021-06-05 17:00:00 3.231764 5.451713 2.047976
2021-06-04 17:00:00 1.821731 1.821731 1.993971
2021-06-03 17:00:00 1.207243 0.457666 1.985284

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-09 17:00:00 4.272076 2.381269 2.600945
2021-06-08 17:00:00 1.804492 2.544463 2.580984
2021-06-07 17:00:00 6.256901 2.261541 2.693788
2021-06-06 17:00:00 2.852595 2.852595 2.788035
2021-06-05 17:00:00 2.530120 2.530120 2.883097
2021-06-04 17:00:00 2.687219 2.687219 2.944016
2021-06-03 17:00:00 3.680751 3.680751 3.034649

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-09 17:00:00 1.228501 1.228501 1.626343
2021-06-08 17:00:00 1.565996 1.565996 1.638825
2021-06-07 17:00:00 0.863132 0.494525 1.761685
2021-06-06 17:00:00 3.076923 3.076923 1.862395
2021-06-05 17:00:00 1.582932 1.582932 2.043186
2021-06-04 17:00:00 1.224740 1.224740 2.204070
2021-06-03 17:00:00 2.164502 2.164502 2.322786

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-09 17:00:00 2.318048 2.318048 2.604423
2021-06-08 17:00:00 2.449495 2.449495 2.705946
2021-06-07 17:00:00 2.090079 1.174233 2.667023
2021-06-06 17:00:00 3.044953 3.044953 2.744848
2021-06-05 17:00:00 3.294047 3.294047 2.853666
2021-06-04 17:00:00 3.316631 3.316631 2.981708
2021-06-03 17:00:00 3.969619 2.226778 3.143776

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-09 17:00:00 5.338542 5.338542 4.633210
2021-06-08 17:00:00 2.685110 2.685110 4.625141
2021-06-07 17:00:00 -2.010050 1.674341 4.785207
2021-06-06 17:00:00 2.748259 6.102522 4.879931
2021-06-05 17:00:00 6.068111 6.068111 4.980336
2021-06-04 17:00:00 6.120690 6.120690 5.112279
2021-06-03 17:00:00 8.333333 2.315581 5.367465

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-09 17:00:00 0.635593 0.635593 1.131029
2021-06-08 17:00:00 1.910828 1.910828 1.156813
2021-06-07 17:00:00 1.382488 1.382488 1.143550
2021-06-06 17:00:00 1.030928 1.030928 1.166327
2021-06-05 17:00:00 0.714286 0.714286 1.142414
2021-06-04 17:00:00 0.000000 1.970443 1.160055
2021-06-03 17:00:00 1.694915 1.694915 1.141322

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-09 17:00:00 3.881701 3.881701 4.634558
2021-06-08 17:00:00 4.229607 4.229607 4.428148
2021-06-07 17:00:00 1.762115 1.762115 4.386739
2021-06-06 17:00:00 7.894737 7.894737 4.540659
2021-06-05 17:00:00 4.970760 4.970760 4.569324
2021-06-04 17:00:00 2.193784 2.193784 4.721689
2021-06-03 17:00:00 7.909605 7.909605 5.001519

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-09 17:00:00 4.214559 4.214559 3.036614
2021-06-08 17:00:00 3.281250 3.281250 3.106701
2021-06-07 17:00:00 2.395210 2.395210 3.001854
2021-06-06 17:00:00 2.454992 2.454992 3.034583
2021-06-05 17:00:00 2.805611 2.805611 3.044904
2021-06-04 17:00:00 2.372479 2.372479 3.136256
2021-06-03 17:00:00 7.539683 2.622498 3.265500

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-09 17:00:00 3.010989 3.010989 3.692829
2021-06-08 17:00:00 2.252992 4.435579 3.757719
2021-06-07 17:00:00 3.898635 2.269890 3.835847
2021-06-06 17:00:00 4.237845 4.237845 3.985220
2021-06-05 17:00:00 3.850071 3.850071 3.990353
2021-06-04 17:00:00 4.023594 4.023594 4.077666
2021-06-03 17:00:00 8.308042 4.711197 4.204968

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-09 17:00:00 15.188834 15.188834 9.518449
2021-06-08 17:00:00 5.030030 5.030030 9.387999
2021-06-07 17:00:00 9.135400 9.135400 9.466406
2021-06-06 17:00:00 13.276027 13.276027 9.658226
2021-06-05 17:00:00 7.453704 7.453704 10.202545
2021-06-04 17:00:00 6.220248 15.717723 10.306307
2021-06-03 17:00:00 3.528468 3.528468 10.766399

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-09 17:00:00 1.436893 2.524736 2.354637
2021-06-08 17:00:00 0.876644 2.066374 2.320753
2021-06-07 17:00:00 0.674663 2.398801 2.315823
2021-06-06 17:00:00 2.371844 2.371844 2.343417
2021-06-05 17:00:00 1.680672 1.680672 2.276571
2021-06-04 17:00:00 4.297225 4.297225 2.284135
2021-06-03 17:00:00 4.634831 1.982577 2.240845

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-09 17:00:00 5.238173 5.238173 5.935743
2021-06-08 17:00:00 5.432855 5.432855 5.927309
2021-06-07 17:00:00 4.961832 8.969466 5.949081
2021-06-06 17:00:00 8.280638 8.280638 6.043234
2021-06-05 17:00:00 4.041451 4.041451 6.112348
2021-06-04 17:00:00 5.820380 5.820380 6.152277
2021-06-03 17:00:00 6.150121 6.150121 6.204770

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-09 17:00:00 2.219116 2.219116 2.600271
2021-06-08 17:00:00 1.839738 1.839738 2.644933
2021-06-07 17:00:00 6.065201 2.954210 2.653598
2021-06-06 17:00:00 3.271741 3.271741 2.750186
2021-06-05 17:00:00 2.558565 2.558565 2.796866
2021-06-04 17:00:00 2.197984 2.197984 2.899504
2021-06-03 17:00:00 5.090312 3.184659 3.019612

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-09 17:00:00 3.448276 3.448276 4.126658
2021-06-08 17:00:00 4.812030 4.812030 4.047101
2021-06-07 17:00:00 4.054054 1.097896 3.889118
2021-06-06 17:00:00 4.733728 4.733728 3.929215
2021-06-05 17:00:00 3.769841 6.834532 3.924050
2021-06-04 17:00:00 6.590909 6.590909 4.187388
2021-06-03 17:00:00 7.792208 1.009251 4.228883

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-09 17:00:00 3.278689 3.278689 4.075710
2021-06-08 17:00:00 5.442177 5.442177 4.222845
2021-06-07 17:00:00 9.677419 2.500000 4.688877
2021-06-06 17:00:00 4.098361 4.098361 5.230939
2021-06-05 17:00:00 3.246753 3.246753 5.443712
2021-06-04 17:00:00 4.854369 4.854369 5.599579
2021-06-03 17:00:00 3.571429 3.571429 5.896357

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-09 17:00:00 5.445117 5.445117 6.030490
2021-06-08 17:00:00 8.074534 8.074534 5.955096
2021-06-07 17:00:00 3.049759 9.109149 5.864053
2021-06-06 17:00:00 4.153686 4.153686 5.874548
2021-06-05 17:00:00 5.925251 5.925251 5.920673
2021-06-04 17:00:00 6.025896 6.025896 6.017666
2021-06-03 17:00:00 4.941176 4.941176 6.201309

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 5.020921 5.020921 3.594285
Basilicata 8.933718 8.933718 9.363296
Calabria 4.759916 4.759916 4.846602
Campania 3.147967 3.147967 3.501363
Emilia-Romagna 5.176584 5.176584 7.726393
Friuli Venezia Giulia 1.855976 1.855976 2.241824
Lazio 4.272076 2.381269 2.600945
Liguria 1.228501 1.228501 1.626343
Lombardia 2.318048 2.318048 2.604423
Marche 5.338542 5.338542 4.633210
Molise 0.635593 0.635593 1.131029
P.A. Bolzano 3.881701 3.881701 4.634558
P.A. Trento 4.214559 4.214559 3.036614
Piemonte 3.010989 3.010989 3.692829
Puglia 15.188834 15.188834 9.518449
Sardegna 1.436893 2.524736 2.354637
Sicilia 5.238173 5.238173 5.935743
Toscana 2.219116 2.219116 2.600271
Umbria 3.448276 3.448276 4.126658
Valle d'Aosta 3.278689 3.278689 4.075710
Veneto 5.445117 5.445117 6.030490

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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